官方软件目录

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Opentrons：实验自动化软件

用于Opentrons机器人及实验协议工作流的软件入口，可衔接本站相关自动化设备资料。

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FlowJo：流式细胞术数据分析

流式细胞术分析软件，官方提供下载安装及学习资源。

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UCSF ChimeraX：分子结构可视化

用于分子结构和相关三维数据的可视化，官方提供下载说明与教学视频。

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PHYLIP：系统发育分析

系统发育推断软件包，官网提供程序、源码及文档入口。

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DESeq2：RNA-seq计数数据差异分析

基于计数数据的统计模型进行差异表达分析；官网提供安装、手册和示例流程。

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Bioconductor：生物信息学软件包

面向生物信息学的数据分析软件生态，提供与R版本配套的安装说明。

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R：统计计算与绘图

统计计算环境，可结合生命科学扩展包开展数据整理、分析和图形绘制。

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FastQC：测序数据质量检查

为高通量测序数据生成质量报告，帮助识别需要进一步检查的数据特征。

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IGV：基因组数据可视化

查看基因组位置、比对结果和相关轨道数据，帮助复核测序及变异分析结果。

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ilastik：交互式图像分类与分割

通过交互式标注训练图像分析工作流，可用于像素分类和相关分割任务。

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QuPath：组织与病理图像分析

用于数字病理和生物医学图像分析，适合组织切片及全切片图像的研究工作流。

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CellProfiler：细胞图像定量

用分析流程进行细胞和细胞核识别，并测量形态、强度及相关图像特征。

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Fiji / ImageJ：科学图像分析

用于显微图像处理、测量及插件工作流。Fiji把ImageJ和常用科学图像插件集中在一起。

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