FastQC：测序数据质量检查

高通量测序读段质量检查

FastQC对高通量测序读段提供质量检查报告，帮助发现需要进一步调查的数据特点。它适合在数据接收或处理流程的重要节点观察读段质量、序列组成及其他质量指标。报告中的颜色或警示用于提示问题，不能脱离文库类型和实验设计直接判定样本是否合格。

数据与环境准备

整理每个样本和读段文件的对应关系，确认测序类型、文库构建方式与已执行的预处理步骤。需要比较处理前后差异时，保留两套报告并注明阶段。

建议的入门工作流

1. 对原始读段运行检查，核对文件完整性和样本命名。
2. 结合文库特点阅读各项报告，记录需要追查的质量问题。
3. 执行后续处理后再次检查，用同一批样本的前后报告评估变化。

结果复核与常见问题

某些实验类型本来就具有特殊的序列组成，不能仅凭一个警示决定过滤所有数据。记录采取的处理措施及理由，结合比对和下游分析情况判断问题是否影响研究结论。

安装、许可与项目记录

质量报告需结合样本、文库类型和后续分析目的解读。

从下方官网入口核对当前发行包与文档，先用少量数据验证环境。记录软件版本、关键参数、输入数据来源和输出文件位置，保留能够重新执行的步骤；重要项目升级前先保存原环境并比较结果。