一、技术路线和方法:
二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01:原始数据预处理与均一化
Part02:差异microRNA筛选
Part03:聚类分析(层次聚类、K-means聚类)
Part04:差异microRNA靶基因预测(或与mRNA芯片关联分析)
Part05:靶基因GO分类
Part06:靶基因Pathway分析
2.2 高级数据分析
Part08:差异microRNA转录因子结合位点分析(或与转录因子芯片关联分析)
Part09:差异microRNA与靶基因调控网络
Part10:转录因子、microRNA、靶基因互作网络
Part11:差异microRNA调解效应评分分析
三、芯片平台
芯片平台 (Human) |
型号 | miRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | Agilent Human miRNA芯片V18.0 | 1523条人miRNA | 8×60K | BT1000211 |
364条人病毒miRNA | ||||
Agilent | Agilent Human miRNA芯片V16.0 | 1205条人miRNA | 8×60K | BT1000212 |
142条人病毒miRNA | ||||
Exiqon | Exiqon LNA TMmiRNA18.0 | 约1900条 | BT1000213 | |
LC | µParaflo® Microfluidic Biochip Technology18.0 | 1898条 | BT1000214 | |
华联 | 人类miRNA 芯片v4(18.0) | 1921(1884条探针) | 1× | BT1000215 |
芯片平台 (Mouse) |
型号 | miRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | Agilent Mouse miRNA芯片V16.0 | 1080条小鼠miRNA | 8×60K | BT1000221 |
57条小鼠病毒miRNA | ||||
Exiqon | Exiqon LNA TMmiRNA18.0 | 约1200条 | BT1000222 | |
LC | µParaflo® Microfluidic Biochip Technology18.0 | 1141条 | BT1000223 | |
华联 | 小鼠&大鼠miRNA 芯片v4(18.0) | 小鼠1157条(1129探针) | 1×(442探针共有) | BT1000224 |
大鼠680条(676探针) |
芯片平台 (RAT) |
型号 | miRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | Agilent Rat miRNA芯片V16.0 | 676条 | 8×15K | BT1000231 |
Exiqon | Exiqon LNA TMmiRNA18.0 | 约700条 | BT1000232 | |
LC | µParaflo® Microfluidic Biochip Technology18.0 | 679条 | BT1000233 | |
华联 | 小鼠&大鼠miRNA 芯片v4(18.0) | 小鼠1157条(1129探针) | 1×(442探针共有) | BT1000234 |
大鼠680条(676探针) |
四、完成时间
2个月,(其中生物信息分析1个月)
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