LncRNA芯片全面解决方案

 
在人的基因组中，只有2%碱基用于编码蛋白，而有72%的碱基是可以转录的，因此ncRNA的存在有很大的空间。然而这些不编码蛋白的RNA（ncRNA）有什么作用呢？近些年，研究者们主要将目光聚集在短的ncRNA（miRNA）上，已经发现了数千个miRNA，其主要功能是调节基因的表达。但是我们不能忽视更长一些的也具有重要功能的long ncRNA。Long ncRNA (lncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上调控基因的表达水平，已知作用则包括基因沉默、基因印记和反义抑制。随着近年来lncRNA不断被发现，人们开始关注LncRNA在各种生物学过程以及疾病中所起到的作用。通过lncRNA芯片，研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的LncRNA的表达变化。
一、技术路线和方法：

二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01：原始数据预处理与均一化
Part02：差异lncRNA筛选
Part03：聚类分析（层次聚类）
Part04：差异lncRNA靶基因预测
Part05：靶基因GO分类
Part06：靶基因Pathway分析
2.2 高级数据分析
Part08：差异lncRNA转录因子结合位点分析
Part09：差异lncRNA与靶基因调控网络
Part10：转录因子、lncRNA、靶基因互作网络
Part11：目标基因反向预测lncRNA
Part12：lncRNA引物设计

三、芯片平台

芯片平台 （Human）	型号	lncRNA\lincRNA数量	规格	货号
Agilent	SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K	7419条lincRNA	8×60K	BT1000311
		27958条mRNA

芯片平台 （Mouse）	型号	lncRNA\lincRNA 数量	规格	货号
Agilent	SurePrint G3 Mouse GeneExpression 8x60K	16251条lincRNA	8×60K	BT1000321
		39430条mRNA

五、完成时间
2个月，（其中生物信息分析1个月）
所有版权及解释权归BIOTREE公司所有！