MBD-Seq全面解决方案

 
DNA甲基化对生命活动非常重要，是基因调控的手段之一（即通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达），它在维持细胞正常功能、传递基因组印记、胚胎发育、肿瘤发生等方面起着至关重要的作用，更是表观遗传学研究的热点。对于DNA甲基化的检测，目前采用甲基化DNA富集并结合高通量测序（MBD-Seq, Methylated DNA Binding Domain-Sequencing）的方法。由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上，所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白MBD2b或5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段，并结合第二代高通量测序，对富集到的DNA片段进行测序，从而检测全基因组范围内的甲基化位点。
一、技术路线和方法：


二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
分析模块01：测序数据预处理
分析模块02：序列比对与序列富集区域（peak）的预测
分析模块03：peak的基因组注释与分布
分析模块04：甲基化GC含量比率
分析模块05：差异peak筛选（DMR,Differentially methylated region）
分析模块06：差异peak对应基因的GO分类
分析模块07：差异peak对应基因的pathway分析
分析模块08：差异peak对应基因的互作网络构建
2.2 高级数据分析
分析模块09：转录因子预测分析
扫描CpG岛区域的转录因子结合位点。因为一般情况下甲基化会使转录因子与DNA的结合力下降，导致基因转录水平的降低。因此转录因子的分析可以解释甲基化导致转录抑制的机理。

三、测序平台

Illumina平台	测序平台	模式	数据量	一个lane样品数	货号
MBD-seq	Hiseq2000	1×50	3-4M reads	12	BT2000311
MBD-seq	Hiseq2000	1×50	20-30M reads	2	BT2000312
MBD-seq	GAII	1×60	8Mreads	4	BT2000313

四、完成时间
3个月，（其中生物信息分析1个月）
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