目前常用的分离间充质干细胞的方法有密度梯度离心法和全骨髓贴壁法。全骨髓贴壁法的原理是根据间质干细胞在低血清培养基中有贴壁优势特性，定期换液以除去不贴壁的其他细胞，达到纯化与扩增间质干细胞的目的。以小鼠骨髓间充质干细胞为例，百恩维公司使用的分离培养大致步骤如下：
        （1）取小鼠股骨和胫骨，以完全培养基冲洗股骨和胫骨骨髓，转移至离心管中，离心，去上清；
        （2）小鼠骨髓间充质干细胞培养基（产品编号：BW110014）重悬，接种培养；
        （3）原代培养36h全液量换液，去除未贴壁的造血细胞及其他细胞，以后每3天换液一次，直到骨髓间充质干细胞80%-90%融合传代。