圣裘德儿童研究医院（St. Jude Children’s Research Hospital）博士后研究员Luka Svet正在研究宿主与微生物之间的相互作用，以揭示细菌致病的新通路。在本次“博士后肖像”访谈中，他分享了自己工作的意义以及希望研究能取得的成果。

解析金黄色葡萄球菌的转录组动态

问：你试图解决什么科学问题？

抗菌药物耐药性（AMR）是一个日益严重的全球健康威胁，而金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）是导致严重细菌感染的主要原因之一，包括皮肤、血流、肺部以及器械相关感染。尽管已有大量研究，但我们对金黄色葡萄球菌在感染过程中如何适应宿主环境仍了解不完整，尤其是其反应在皮肤和肺部等不同解剖生态位之间有何差异。这一知识空白限制了我们识别那些使细菌在体内得以生存、持续存在、发挥毒力并逃避免疫的细菌过程。

另一个挑战是，金黄色葡萄球菌基因组中超过17%的基因功能未知或特征不清，这代表着一个很大程度上未被探索的潜在毒力机制库。我们的研究旨在确定金黄色葡萄球菌在感染早期如何动态重编程其转录组，以及这些反应如何受到不同宿主组织和免疫环境的影响。通过比较适应人类和啮齿动物的分离株，并将细菌转录组学与宿主免疫谱分析和功能遗传学研究相结合，我们试图识别生态位特异性的细菌通路以及此前未被认识的致病决定因素，这些可能成为新的治疗脆弱点。

从微生物学到计算生物学

问：是什么吸引你进入微生物学和计算生物学领域？

吸引我的是生物复杂性与利用数据回答困难、非常规问题的机会的结合。我尤其喜欢处理大型复杂数据集，开发计算方法以提取有意义的生物学见解，并利用定量分析来理解那些仅靠直接实验无法解决的问题。微生物生物学和抗菌药物耐药性研究提供了一个特别有吸引力的环境，因为病原体不断适应，产生需要创造力和严谨分析的新问题。

我也受到持续学习这一挑战的激励。我的工作让我得以发展和整合微生物学、基因组学、转录组学、生物信息学和计算生物学方面的技能，同时不断提高分析和解释复杂生物系统的能力。我发现解决那些没有既定解决方案的问题的过程特别有回报。

最终，我怀着一种真诚的信念，即通过为重要生物学问题带来新想法、分析视角和见解，我能对该领域做出有意义的贡献。

研究中的意外发现

问：你从研究中学到的一件意想不到的事是什么？

我从这项研究中学到的最重要的事情之一是，数据最终揭示的结果可能与初始假设相距甚远。我原本预期我们的一些发现会符合金黄色葡萄球菌生物学的既定模型，但结果反复挑战了这些假设，迫使我们重新考虑对该系统的解释。这是一个宝贵的提醒：研究不是确认我们预期发现的东西，而是愿意跟随证据，即使它引向意想不到的地方。

我还学到了坚持的重要性。一些最有趣的发现只有在实验失败、产生模糊结果或需要我们完全从另一个角度处理问题之后才出现。尝试不同的方法、技术和分析途径，最终打开了我们最初没有考虑过的道路。

研究成功可能带来的改变

问：如果你的研究成功，它可能为科学或社会带来什么改变？

它可能有助于改善金黄色葡萄球菌感染的治疗策略，并最终可能帮助为有效疫苗的开发提供信息。

问：你最期待接下来回答什么问题？

我最期待解决涉及复杂生物系统和大型多维数据集的问题。

来源：The Scientist（英文原文，生物航编译，内容以原文为准）