健康种子的萌动时期，在作物生长有着重要作用，种子萌发需要特定的水分、温度、氧气等条件，而种子发芽箱能够对需要特殊发芽条件的种子进行萌发处理，帮助种子顺利发芽。
不同的作物或同一作物的不同品种种子发芽时对外界条件的要求是不同的。而对于粉质型、甜质型的有些品种，由于它们的芽势弱,发芽缓慢,末次芽率计数需要9～10d。这类种子对水分要求比较严格，中后期水分稍高,病菌和霉菌容易发生。
从种子发芽箱中观察，大豆的种皮较薄,种胚较大,吸湿性强,从而导致种子发芽时对水分的要求较高。温度和湿度稍高，就会使大豆很容易发霉变质。对于含水量较高的大豆品种,在做发芽实验时，特别要注意对水分的控制。置床时，发芽床始终要保持湿润状态。同时,水分不能过多,芽床的含水量较正常发芽要求低5%~8%。种子要均匀分布在发芽床上，种子之间的间距要留有相当于种子本身的4~5倍，以防发霉种子的相互感染，如发现有霉菌滋生，要及时取出洗净。有些大豆种子种皮非常薄,种子吸足水分以后，2片子叶容易脱离种皮而分瓣,在做此类品种的发芽实验时，尽量少移动，如需移动，要轻拿轻放，不要用力过大。
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