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在人的基因组中，只有2%碱基用于编码蛋白，而有72%的碱基是可以转录的，因此ncRNA的存在有很大的空间。然而这些不编码蛋白的RNA（ncRNA）有什么作用呢？近些年，研究者们主要将目光聚集在短的ncRNA（miRNA）上，已经发现了数千个miRNA，其主要功能是调节基因的表达。但是我们不能忽视更长一些的也具有重要功能的long ncRNA。Long ncRNA (lncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上调控基因的表达水平，已知作用则包括基因沉默、基因印记和反义抑制。随着近年来lncRNA不断被发现，人们开始关注LncRNA在各种生物学过程以及疾病中所起到的作用。通过lncRNA芯片，研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的LncRNA的表达变化。
一、技术路线和方法：
二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01：原始数据预处理与均一化
Part02：差异lncRNA筛选
Part03：聚类分析（层次聚类）
Part04：差异lncRNA靶基因预测
Part05：靶基因GO分类
Part06：靶基因Pathway分析
2.2 高级数据分析
Part08：差异lncRNA转录因子结合位点分析
Part09：差异lncRNA与靶基因调控网络
Part10：转录因子、lncRNA、靶基因互作网络
Part11：目标基因反向预测lncRNA
Part12：lncRNA引物设计
三、芯片平台
| 芯片平台 （Human） |
型号 | lncRNA\lincRNA数量 | 规格 | 货号 |
| Agilent | SurePrint G3 Human Gene |
7419条lincRNA | 8×60K | BT1000311 |
| 27958条mRNA |
| 芯片平台 （Mouse） |
型号 | lncRNA\lincRNA 数量 |
规格 | 货号 |
| Agilent | SurePrint G3 Mouse Gene |
16251条lincRNA | 8×60K | BT1000321 |
| 39430条mRNA |
五、完成时间
2个月，（其中生物信息分析1个月）
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