太湖石假山的镶石拼补工序完成后，接着进行勾缝工序，这是最理想的做法。因为这样可以避免在进入勾缝工序时，对镶石拼补时所留有的砂浆，因时间长而干结，再对它进行繁琐的刮凿。勾缝，在江南一带称作“嵌缝”，而北方则常叫作“抹缝”，这是假山工程中的一道修饰工序。其作用是对所堆叠的山石之间和因镶石拼补后所留有的拼接石缝，进行补强和美化，使它们连成一体，成为一个有机整体。
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假山勾缝的程序，一般从假山的底部开始，由下而上，先里后外，先暗后明，先横后竖，逐渐展开。如果上、下两块叠砌的山石的缝隙过大，出现中空现象，那么先要用混凝土进行充填，再用镶石勾缝。从前考究的明清时期的假山，常用糯米汁掺适当的石灰，捣制成浆，来作为胶结材料;还有一种就是用明矾汁拌石灰，干结后它们的硬度都很高，即使是一锤砸下，也只能砸出一个小坑，而不太会破碎。此外，尚有桐油石灰(或加纸筋)和石灰纸筋等做法，但干结凝固较慢，存在着明显的不足。在太湖石假山勾缝时，往往再加青煤，这样使石灰的白色近似于太湖石的石色;如果是黄石假山，则勾缝后再用铁屑盐卤进行粉刷所嵌之缝，使其和黄石色泽相浑同。现代假山勾缝所用的材料则都是水泥砂浆，水泥和过筛的细黄沙配比标准，一般为1∶3。太湖石假山因水泥砂浆和自然的太湖石色泽基本接近，所以一般不再掺色。